在回娘家扫墓的路上,信二(由绪方惠美配音)和三户胜城(由小野光志配音)遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻,二号机以压倒性优势击败了对手,信二结识了二号机的操纵者博·明日香·兰利(段丽阳·宫村配音)。与沉默寡言的绫波丽(由林原惠美配音)不同,明日香自信甚至傲慢。在他和信治相处的日子里, 他们三个分别开着0号,2号,2号,抵挡住了第八使徒的猛烈进攻。在这个过程中,淡淡的感情在这三对青年男女的心中悄然萌发。 不久之后,第九和第十使徒相继到来,真嗣面临着生与死的残酷考验...本片是新剧场版《福音战士》的第二部。