在袭击世界的大灾难的“第二次冲击”之后,世界在废墟上重建。 14岁的男孩Shinji Ikari被他的父亲齐杜源叫到第三个新东京城市。 我以为我能看到他受到父亲的问候,却看到一个巨大的学生,名叫“使徒”,广播电影院,私人电影院,与军队作战。 在危急的情况下,NERV特工处的葛城·美里救出了真嗣,并把他带到了杜源领导下的NERV总部。 但迎接真嗣的却是父亲冰冷的命令:驾驶一个名为“伊娃”的巨大人形机器人与使徒们战斗。 本来已经拒绝的真嗣,在看到严重受伤的后备车手绫波丽后,决定服从父亲的命令。 就这样,从未接受过战斗训练的真嗣准备驾驶长荣号角去面对使徒们。 不断攻击使徒,身份不明的绫波丽,德国司机刘矩明日香兰利,和一个14岁的男孩必须面对的挑战远远超出他们的能力。 但是翟却在静静地观察着一切,一个名为“人类补充计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。